Trứng bị trôi theo dòng nước, các tảng băng rạn nứt khiến cánh cụt non rơi xuống biển lạnh trước khi đủ lông để bơi. Nguồn thức ăn như cá, nhuyễn thể cũng suy giảm nghiêm trọng. Một nghiên cứu gần đây cho thấy số lượng cánh cụt Hoàng đế giảm tớ