Dù nhận được nhiều lời khen, “Thủy Hử Q truyện” cũng không tránh khỏi tranh cãi. Một số ý kiến cho rằng việc “chibi hóa” và hài hước hóa nhân vật có thể làm mất đi uy nghiêm và chiều sâu của tác phẩm gốc. Đặc biệt với các nhân vật như Tống Gian