Dưới chế độ này, Nhật Bản được chia thành các phiên (han), mỗi phiên được điều hành bởi một Daimyo – người đứng đầu tầng lớp samurai địa phương. Chính quyền trung ương được vận hành bởi Shogun – người nắm quyền tối cao về chính trị và quân sự.